Сергей Наперковский — воспитанник СДЮШОР-3 Пинск. Игровую карьеру футболиста начал в Пинском ФК «Коммунальник» в 1996 году, далее были ФК «Пинск-900» (1997-1999, 2005), ФК «Динамо-Брест» (2000-2000), ФК «Гранит» Микашевичи (2003-2004), ФК «Волна-Пинск» (2006-2011). С 2015 по 2016 года возглавлял молодёжную команду «Чёрные пантеры».

С 2017 по 2020 год работал в Академии футбола «Динамо-Брест» тренером молодёжных команд.