Национальная система мониторинга окружающей среды (НСМОС) включает 13 видов мониторинга: земель, поверхностных и подземных вод, атмосферного воздуха, озонового слоя, растительного мира, лесов, животного мира, радиационный, геофизический, локальный мониторинг окружающей среды, комплексный мониторинг естественных экологических систем на особо охраняемых природных территориях, комплексный мониторинг торфяников.

В системе функционируют 11 информационно-аналитических центров видов мониторинга, а также главный информационно-аналитический центр. Кроме того, НСМОС взаимодействует с системой социально-гигиенического мониторинга и системой мониторинга и прогнозирования чрезвычайных ситуаций природного и техногенного характера.

Координатором функционирования НСМОС определено Министерство природных ресурсов и охраны окружающей среды, обеспечивающее согласованность действий государственных заказчиков и исполнителей мероприятий госпрограмм в данной сфере.