Это учебное заведение начинает свою историю с 1940 года, когда в Столине открыли Столинский сельскохозяйственный техникум агрономического профиля. Ефрем Никандрович Клименков становится первым директором этого учебного заведения.
На 1 сентября 1940 года в техникуме было набрано 4 группы учащихся по 25 человек в каждой. С 1 октября 1940 года при техникуме открывают двухгодичную школу по подготовке полеводов и счетоводов для колхозов и совхозов. Обучение в ней начали 50 человек.
Приказом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь в 1997 году Столинский сельскохозяйственный техникум преобразован в аграрно-экономический колледж, в 2001 году – в учреждение образования «Столинский государственный аграрно-экономический колледж».
За время своего существования техникум-колледж подготовил и выпустил более 20.000 специалистов среднего звена для агропромышленного комплекса. Среди выпускников этого учебного заведения есть кандидаты экономических наук, руководители и главные специалисты не только сельскохозяйственных предприятий, но и органов государственной власти.
Сейчас учебным заведением руководит Андрей Григорьевич Бут-Гусаим.